El 17 de julio de 2025, autoridades del SNAI y la Policía Nacional confirmaron la muerte de cuatro personas privadas de libertad (PPL) en la Penitenciaría del Litoral, Guayaquil, y el Centro de Privación de Libertad (CPL) de Loja. En la Penitenciaría, dos reos fueron hallados sin vida: Carlos Teodoro V. F., de 50 años, el 16 de julio en la celda 10, pabellón 8, con signos de desnutrición y sin marcas de violencia, y Juan Manuel G. G., de 25 años, el 15 de julio. Ambos cuerpos fueron trasladados al Laboratorio de Criminalística en Guayaquil para autopsias.
En Loja, dos PPL fueron encontrados sin signos vitales en el pabellón E tras recientes traslados penitenciarios, parte de una reestructuración para mejorar la seguridad y el control en cárceles de menor capacidad. Las causas de los decesos están bajo investigación, y el SNAI descartó amotinamientos, asegurando que la situación en ambos centros está controlada.