La Fiscalía de Ecuador busca que los presuntos autores intelectuales del asesinato de Fernando Villavicencio sean sancionados con la pena máxima por el delito de asesinato, que podría ser de 22 a 26 años de prisión. La fiscal Ana Hidalgo acusa a José Serrano, Ronny Aleaga, Xavier Jordán y Daniel Salcedo de planificar y financiar el crimen, que se produjo durante una concentración de personas y que tenía como víctima a un candidato a una elección popular, lo que eleva la pena según el Código Orgánico Integral Penal (COIP).
La fiscalía también ha señalado que la pena para los acusados podría superar los 30 años de prisión, debido a agravantes en el crimen. En un caso relacionado, los autores materiales del magnicidio ya fueron sentenciados a 34 años y ocho meses. La jueza del caso, María Daniela Ayala, ha dictado prisión preventiva para Aleaga y Salcedo, mientras que Serrano y Jordán tienen la obligación de presentarse periódicamente en el consulado de Miami.