El presidente Daniel Noboa firmó el Decreto Ejecutivo nº 94 el 14 de agosto de 2025, ordenando la absorción del Ministerio de Ambiente, Agua y Transición Ecológica por el Ministerio de Energía y Minas. La cartera resultante, denominada Ministerio de Ambiente y Energía, integrará las funciones del primero como un viceministerio, garantizando la desconcentración de procesos sustantivos durante la implementación.
El decreto estipula que todos los bienes, partidas presupuestarias, contratos, planes y programas del Ministerio de Ambiente pasarán al nuevo ministerio, sin impacto negativo en el Presupuesto General del Estado. La fusión, liderada por la máxima autoridad del Ministerio de Energía, asegura la continuidad de procesos administrativos y jurídicos hasta su conclusión, extinguiéndose luego la personería jurídica del Ministerio de Ambiente.
Esta medida, parte de un plan de eficiencia administrativa iniciado con el Decreto nº 60 del 24 de julio, ha generado protestas desde el 28 de julio por parte de organizaciones sociales, ambientalistas, estudiantes y otros sectores, quienes rechazan la reestructuración de seis ministerios y secretarías.