La Prefectura del Guayas anunció el 8 de mayo de 2025 la terminación unilateral del contrato con el consorcio Dragando por Guayas, encargado del dragado del río Guayas, debido a incumplimientos que acumularon multas superiores al 5% del contrato de $44 millones. La prefecta Marcela Aguiñaga destacó que, tras dos años, solo se extrajeron 2.5 millones de los 6.28 millones de metros cúbicos de sedimento previstos, insuficiente para mejorar la navegabilidad o prevenir inundaciones.
El proyecto, iniciado en mayo de 2022 bajo la administración de Susana González, buscaba retirar sedimentos alrededor del islote El Palmar para facilitar la navegación y mitigar riesgos de inundaciones en Guayaquil, Durán y Samborondón. Sin embargo, retrasos en la llegada de la draga desde China, problemas con desechos en el río y la falta de experiencia del consorcio generaron demoras y multas de $1.5 millones. La prefecta señaló que el dragado no resolvió el problema de sedimentación, ya que el material sigue llegando desde la cuenca alta.
Aguiñaga propone un plan maestro con otras provincias para un manejo integral de la cuenca, incluyendo reforestación y desazolve, mientras evalúa opciones legales contra el consorcio, como cobro de pólizas. La decisión ha generado críticas, con sectores como el periódico Guayas News acusando un mal manejo de los $44 millones. La Prefectura busca ahora nuevos enfoques para abordar la sedimentación, que expertos consideran un paliativo frente a los desafíos estructurales del río Guayas.