Los gobiernos autónomos descentralizados de Ecuador enfrentan un complejo escenario debido a una serie de investigaciones que involucran a varios alcaldes y prefectos en funciones en los ámbitos judicial, legislativo y electoral. En el plano penal, la Fiscalía General del Estado ha formulado cargos contra cinco alcaldes, entre ellos Aquiles Alvarez, de Guayaquil, quien suma tres procesos iniciados entre 2025 y 2026 por presunto almacenamiento ilegal de combustibles, lavado de activos e incumplimiento de decisiones legítimas por el retiro de su grillete electrónico. A él se suman los alcaldes detenidos recientemente en diversos operativos: Vicko Villacís, de Esmeraldas; Ángela Plúa Santillán, de Jipijapa; José Arroyo Cabrera, de Pujilí; y Darío Macas, de Machala, investigados por delitos como peculado, enriquecimiento ilícito y delincuencia organizada tras detectarse incrementos patrimoniales e irregularidades contractuales.
Paralelamente, la Asamblea Nacional activó mecanismos de control político a través de las comisiones de Régimen Económico y de Gobiernos Autónomos Descentralizados, impulsados por la bancada oficialista Acción Democrática Nacional. La primera mesa analiza 774 informes con indicios de responsabilidad penal emitidos por la Contraloría entre 2016 y 2026, mientras que la segunda cuenta con un plazo de 90 días para auditar las declaraciones juramentadas de inicio de gestión y cruzar datos con el Servicio de Rentas Internas y la Unidad de Análisis Financiero y Económico, extendiendo la revisión al entorno familiar de las autoridades. Finalmente, en el frente electoral, el Tribunal Contencioso Electoral ha ratificado la suspensión de derechos políticos contra el alcalde de Cuenca, Cristian Zamora, y el de Portoviejo, Javier Pincay, así como una sanción en primera instancia contra el prefecto de Chimborazo, Hermel Tayupanda, frenando de momento sus aspiraciones de reelección.
