El 21 de julio de 2025, la vocera del Gobierno ecuatoriano, Carolina Jaramillo, expresó que el Ejecutivo respeta la elección democrática de Marlon Vargas Santi como nuevo presidente de la Conaie, realizada el 20 de julio en Conocoto, Quito. Jaramillo enfatizó que las decisiones de las bases de las organizaciones sociales deben ser respetadas.
Vargas, de 49 años y oriundo de Capahuari, Pastaza, obtuvo 617 votos, superando a Leonidas Iza (540 votos). Exlíder de la Confeniae (2016-2023) y de la Nacionalidad Achuar, Vargas fue clave en las protestas de 2019 y 2022 contra la eliminación de subsidios a combustibles, recibiendo amnistía en 2022 por cargos de formación de grupos subversivos.
En su discurso, Vargas prometió unidad, defensa de territorios y propuestas desde las comunidades, asegurando no discriminar a las bases. Su posesión está programada para el 28 de julio, según resolvió el VIII Congreso de la Conaie.