El 20 de julio de 2025, Marlon Vargas Santi, de la nacionalidad Achuar, fue elegido presidente de la Conaie en su VIII Congreso Nacional, con 617 votos frente a los 540 de Leonidas Iza, presidente saliente. Vargas liderará la organización indígena hasta 2028, con posesión prevista para el 28 de julio.
Vargas prometió unidad para defender territorios indígenas, fortalecer la educación intercultural bilingüe, los emprendimientos y saberes ancestrales, y revitalizar la Universidad Amawtay Wasi. En su discurso, enfatizó que su candidatura surge de las comunidades, no de partidos políticos, y se comprometió a priorizar las bases, evitando ser un dirigente centrado solo en ruedas de prensa.
La elección refleja la renovación del liderazgo indígena en Ecuador, en un contexto de desafíos sociales y territoriales, con Vargas enfocado en consolidar propuestas desde las comunidades de la Amazonía, Sierra y Costa.